Novedades en el IVA Intracomunitario: cómo afecta a las Pymes

A partir de 2025, las PYMES que operan dentro del espacio económico europeo deben atender a los cambios legislativos en el IVA intracomunitario. 

La entrada en vigor de la Directiva (UE) 2025/516 y el despliegue progresivo del paquete normativo conocido como ViDA (VAT in the Digital Age) suponen un giro importante en cómo se gestionan las operaciones de compraventa entre empresas europeas.

En este artículo de Bonet Asesores, explicaremos qué implica el IVA intracomunitario para las PYMES en 2025, qué debes hacer para cumplir con la normativa, y cómo prepararte para los próximos cambios fiscales.

¿Qué es el IVA intracomunitario?

El IVA intracomunitario es un régimen especial de tributación aplicable a las operaciones entre empresas o profesionales de distintos países de la Unión Europea.

Es decir, cuando una empresa española vende o compra bienes o servicios a otra empresa de la UE, no se aplica el IVA nacional habitual. En su lugar, se usa un mecanismo de inversión del sujeto pasivo.

Pero para poder beneficiarse de esta exención y cumplir con la normativa, hay requisitos clave, como estar dado de alta en el ROI (Registro de Operadores Intracomunitarios) y emitir las facturas correctamente, sin IVA, incluyendo los NIF-IVA de ambas partes.

¿Qué cambia en 2025?

El año 2025 marca un punto de partida hacia un nuevo sistema de control fiscal más digitalizado y homogéneo en Europa. Estas son las principales novedades:

1. Entrada en vigor de la Directiva (UE) 2025/516

Esta directiva, aprobada en marzo de 2025, modifica la Directiva 2006/112/CE en lo referente al tratamiento del IVA en la era digital. Afecta directamente a:

• • Las plataformas digitales que intermedian servicios (por ejemplo, transporte o alojamiento).

  • La ampliación del uso del régimen de ventanilla única (OSS e IOSS) para simplificar el cumplimiento de obligaciones fiscales.

  • Las entregas intracomunitarias de bienes y servicios, que tendrán nuevas reglas sobre la facturación, el registro y la presentación de declaraciones.

2. Facturación electrónica y controles reforzados

Aunque no obligatoria aún para todos los sectores, la facturación electrónica se extenderá en los próximos años. Según la Agencia Tributaria, cada Estado podrá exigirla a determinados colectivos, lo que facilita una trazabilidad casi en tiempo real de las operaciones.

Implicaciones para las Pymes españolas

Las pequeñas y medianas empresas deberán revisar y adaptar sus procesos contables y fiscales. Aquí algunos puntos críticos:

Alta en el ROI y validación en VIES

Para emitir o recibir facturas sin IVA, tanto el emisor como el receptor deben estar inscritos en el Registro de Operadores Intracomunitarios (ROI) y figurar como activos en la base de datos VIES (Sistema de Intercambio de Información sobre el IVA).

Modelo 349: declaración obligatoria

Este modelo informa a Hacienda de todas las operaciones intracomunitarias. Se presenta mensualmente o trimestralmente, según el volumen. Si no se presenta o se cometen errores, las consecuencias pueden ser sancionadoras.

Modelo 303 y 390

Aunque las operaciones intracomunitarias no lleven IVA en factura, deben declararse correctamente en el modelo 303 (trimestral) y el resumen anual 390. Hacienda espera que los importes coincidan con los reportados en el 349.

Nuevas fechas en el calendario ViDA

Los cambios no se concentran todos en 2025. Aquí un resumen del calendario previsto por la Comisión Europea y adaptado por la Agencia Tributaria:

• • 1 de enero de 2027: aplicación de ajustes menores en los sistemas OSS e IOSS.

  • 1 de julio de 2028: se amplía la ventanilla única para ciertas entregas nacionales y se impone el mecanismo de inversión del sujeto pasivo para proveedores no identificados.

  • 1 de julio de 2030: se implanta un sistema de información en tiempo real para transacciones B2B intracomunitarias.

  • 1 de enero de 2035: todos los países deben tener adaptados sus sistemas nacionales a la norma europea.
    

Consejos prácticos

1. 1. Revisa si estás dado de alta en el ROI. Si no lo estás, no puedes emitir facturas exentas de IVA intracomunitario.

   2. Consulta en VIES a tus clientes europeos antes de emitir factura sin IVA.

   3. Utiliza un software de facturación actualizado que cumpla con los requisitos técnicos y legales.

   4. Preséntate al día con el modelo 349, y asegúrate de que coincida con los modelos 303 y 390.

Infórmate sobre facturación electrónica. Aunque aún no sea obligatoria para todas las PYMES, lo será a medio plazo.

¿Necesitas ayuda con el IVA intracomunitario en tu empresa?

En Bonet Asesores entendemos las inquietudes de las PYMES que operan dentro del mercado europeo. 

Sabemos que gestionar correctamente el IVA intracomunitario puede ser complejo, sobre todo con los cambios normativos de este último tiempo.

Si tienes dudas sobre el modelo 349, los requisitos del ROI o cómo adaptarte a las nuevas obligaciones del IVA digital, estamos aquí para ayudarte.

Nuestro equipo te asesora de forma cercana, con soluciones prácticas y adaptadas a la normativa vigente.

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Preguntas frecuentes sobre IVA intracomunitario